Genética molecular
La Red cuenta con capacidades técnicas para realizar análisis con énfasis en genómica y transcriptómica funcional para la identificación, caracterización, selección y mejoramiento de los recursos genéticos de interés para las matrices plantas, animales y microorganismos, con el fin de satisfacer las demandas específicas del sector agropecuario.
Esta Red de Laboratorios cuenta con tres áreas especializadas:
- PrePCR:Área de procesamiento de material biológico, para la extracción y cuantificación de ADN y ARN de virus, bacterias, hongos, tejido vegetal y tejido animal, utilizando equipos como el nanodrop, qubit, tape station.
- PCR (Reacción en cadena de la polimerasa):Es el área destinada a la obtención de fragmentos de ADN de regiones de interés. Se encuentra dotada con termocicladores punto final, tiempo real y PCR digital de alta eficiencia.
- Post-PCR: Es el área donde se realizan procesos de visualización, identificación y secuenciación de fragmentos de PCR. Cuenta con zonas de preparación de geles de agarosa y electroforesis capilar (secuenciación de Sanger y determinación de fragmentos). Adicionalmente, se realizan metodologías de alto rendimiento, como genotipado a gran escala con chips de array con la plataforma Illumina (Hi ScanSQ) y Thermo Fisher (GeneTitan) y secuenciación de nueva generación (NGS) para secuenciación de ADN de genomas completos, resecuenciación y análisis de ARN (transcriptómica), GBS (Genotyping by sequencing) en plantas.
La Red de Laboratorios de Genética Molecular está ubicada en siete centros de investigación, distribuidos en todo el territorio nacional, siendo el centro de investigación Tibaitatá el centro que cuenta con el personal y equipos especializados para la prestación de servicios externos.
Servicios disponibles
Genotipado a gran escala con chips de array, para especies animales y vegetales.
El servicio de genotipado a gran escala mediante chips de array permite identificar miles de SNPs relacionados con características como crecimiento, reproducción y conformación. Sus aplicaciones incluyen la estimación de valores genómicos, identificación de rasgos cuantitativos, evaluación del mérito genético, mapeo genético, estudios de desequilibrio de ligamiento y control de filiación. También facilita el análisis de la diversidad genética y la asociación con enfermedades. En microbioma, detecta más de 12,000 especies y permite un análisis detallado mediante el software MiDas. Este servicio es aplicable a diversas especies animales, vegetales y microorganismos. La disponibilidad de los chips se consulta con Illumina o Thermo Fisher Scientific, y se evalúa la posibilidad de personalizarlos si es necesario.
Secuenciación de nueva generación (GBS, Genomas completos, RNA seq, Low Pass sequencing)
El servicio de secuenciación de nueva generación ofrece secuencias de genomas completos, transcriptomas, GBS y genomas de baja profundidad para especies animales, vegetales y microorganismos. Los usuarios pueden mejorar la precisión en la caracterización de especies, realizar estudios comparativos, determinar variabilidad genética y realiza análisis de expresión diferencial. Se acepta ADN o RNA de diversas muestras, el personal especializado asesora sobre el procedimiento asociado y sobre los protocolos de recolección, embalaje y envío de las muestras, para garantizar la calidad de las secuencias. El servicio incluye evaluación de calidad del material genético, preparación de librerías, control de calidad y secuenciación en diferentes plataformas disponibles en el mercado. Los resultados se entregan en archivos Fastq, desmultiplexados por muestra, en formato de un solo sentido o doble sentido, según las necesidades del cliente.
Secuenciación de fragmentos (Sanger).
El servicio de secuenciación por la metodología de Sanger permite determinar el orden de nucleótidos en fragmentos de ADN amplificados mediante PCR. Es ideal para proyectos que evalúan regiones conservadas de microorganismos para estudios de filogenia e identificación de hongos o bacterias, así como para fragmentos de genes de interés en diversas especies. Los resultados permiten realizar estudios comparativos, evaluar la estructura y diversidad genética, identificar variantes asociadas a la calidad agronómica o pecuaria, y detectar mutaciones puntuales. Esta técnica es especialmente útil en el sector agrícola para identificar marcadores genéticos relacionados con resistencia a plagas y otras características productivas.
El proceso de laboratorio incluye la purificación del ADN, la reacción cíclica de secuenciación, y la purificación del producto, seguido de la lectura en el secuenciador ABI 3500. Los fragmentos mayores a 600 pb se analizan en doble sentido. El resultado se presenta en un electroferograma (archivos Ab1) generado por el software Sequencing Analysis.
OT en 30 Secuenciación Sanger
Identificación de las variantes del gen A1/A2 Beta-caseína en bovinos
El servicio de identificación de variantes del gen de la Beta-caseína (A1/A2) permite analizar el ADN de bovinos para determinar las variantes genéticas asociadas con características importantes en el sector lácteo. A partir de una muestra de sangre, se extrae el ADN, se amplifica la región de interés mediante PCR y se secuencia para identificar las variantes presentes (A1A1, A1A2 o A2A2).
Los beneficios para los productores incluyen la facilidad de elección de machos y hembras con alelos deseables, mejorando la composición y producción de leche y quesos. Adicionalmente, los resultados apoyan la implementación de programas de selección animal, optimizando la producción láctea y reduciendo costos en el manejo y reproducción de los animales. Esto permite la obtención de la información sobre las variantes genéticas en el hato, mejorando la productividad y generando oportunidades comerciales, logrando así determinar el valor de la leche en función de su calidad, lo que puede influir en su comercialización y en el pago por calidad a nivel nacional e internacional.
Detección del virus de leucosis bovina
El servicio de diagnóstico de Leucosis Viral Bovina emplea la técnica de PCR punto final o PCR digital (ddPCR), las cuales representan un enfoque innovador y altamente especializado para la identificación precisa del ADN del virus causal de la Leucosis Bovina (BLV) en muestras de ADN extraídas a partir de sangre completa, garantizando un alto grado de confiabilidad y precisión en los resultados obtenidos.
Estas técnicas de diagnóstico permiten diseñar estrategias efectivas de control y prevención en el hato, proporcionando al productor información crítica para la toma de decisiones en el manejo de los animales infectados. La prueba posibilita la detección temprana de la enfermedad y puede aplicarse a cualquier edad, incluso en etapas iniciales de vida del animal, facilitando así, una intervención oportuna para limitar la propagación del virus dentro del hato o sistema ganadero.
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